Sağlık Bakanlığınca çıkarılan 18 Şubat 2011 tarihli “Birlikte kullanım” yönetmeliği ile ilgili olarak Danıştay, “yürütmenin durdurulması” kararı verdi. Sağlık Bakanlığına Bağlı Sağlık Tesisleri ve Üniversitelere Ait İlgili Birimlerin Birlikte Kullanımı ve İşbirliği Usul ve Esasları Hakkında Yönetmelik, bu kullanım kapsamındaki tesislerde çalışma koşullarını ve döner sermaye gelirlerinin dağıtılmasıyla ilgili esasları belirliyordu.
Yönetmeliğin yayınlanmasının ardından Üniversite Öğretim Üyeleri Derneği ve Türk Tabipleri Birliği ile ayrıca 494 öğretim üyesi iptal istemiyle Danıştay’a başvurmuştu.
Başvurularda, yönetmeliğin “birlikte kullanım, iş birliği” adı altında tıp fakültelerinin sağlık uygulama araştırma merkezleri olan üniversite hastanelerini yönetim ve mali açıdan Sağlık Bakanlığına bağlı birimler haline dönüştürdüğü belirtilmiş ve bunun “üniversitelerin asıl görevleri olan eğitim ve araştırma konularını aksatacağı” ifade edilmişti.
Başvuruları değerlendiren Danıştay 10. ve 11. Dairelerinden oluşan müşterek kurul; Yönetmeliğin dayanağı olan 3359 Sayılı Yasanın Ek 9. Maddesinin Anayasa’ya aykırı olduğuna, iptali için itiraz yoluyla Anayasa Mahkemesi’ne başvurulmasına ve Anayasa Mahkemesi’nce karar verilinceye kadar Yönetmelik maddelerinin yürütmesinin durdurulmasına karar verdi.
Danıştay müşterek kurulun, yönetmeliğe dayanak olan ek 9’uncu maddedeki "Sağlık Bakanlığı'na bağlı sağlık kurum ve kuruluşları ile üniversitelerin ilgili birimleri, Bakanlık ve üniversitelerce karşılıklı olarak işbirliği çerçevesinde birlikte kullanılabilir. Birlikte kullanım ve işbirliğine ilişkin usul ve esaslar ile ilgili mevzuat hükümleri çerçevesinde döner sermaye gelirlerinden personele yapılacak ek ödemelere ilişkin esaslar Maliye Bakanlığı ve Yükseköğretim Kurulunun görüşü alınarak Sağlık Bakanlığı tarafından çıkarılacak yönetmelikle belirlenir" hükmünün Anayasaya aykırılığı ile ilgili yorumunda şu noktalara dikkat çekildi:
• Sağlık Bakanlığı'na bağlı sağlık kurum ve kuruluşlarının sağlık hizmeti sunma işlevi ile tıp fakültelerinin hizmet işlevinin birbirinden farklı niteliğe sahip olduğunun dikkate alınmaması,
• Tıp fakültelerinin temel işlevinin eğitim ve araştırma olduğunun gözetilmemesi,
• Tıp fakültelerinde eğitim ve araştırma faaliyetlerinin yapılmasında ve sağlık hizmetlerinin verilmesinde, Anayasa'nın 130. maddesinde belirtilen güvenceler sağlanarak, üniversitelerin bilimsel özerkliğini tanıyan yasal düzenlemelerin yapılmaması,
• Üniversiteler ve üniversite öğretimi konusunda karar almaya yetkili organın Yükseköğretim Kurulu olmasına rağmen Yönetmelik çıkarma yetkisinin Sağlık Bakanlığı’na verilmesi,
• İşbirliğinin ve birlikte kullanımın nasıl bir yöntem izlenerek hangi ilke ve kurallara uyularak yapılacağının belirtilmemesi ile yönetimin esas ve usullerine yer verilmemesi,
• Üniversite ve Sağlık Bakanlığı arasındaki ilişkilerin yasal zemininin düzenlenmemesi,
• Herhangi bir temel ilke konulmadan, yetkilerin tümüyle Sağlık Bakanlığı'na devredilmesi.
Danıştay kararının “Sonuç ve istem” bölümünde şöyle denildi:
“Açıklanan nedenlerle ve bir davaya bakmakta olan mahkemenin, o dava sebebiyle uygulanacak bir kanunun Anayasa'ya aykırı olduğu kanısına götüren görüşünü açıklayan kararı ile Anayasa Mahkemesine başvurulması gerektiğini düzenleyen 2949 sayılı Anayasa Mahkemesinin Kuruluşu ve Yargılama Usulleri Hakkında Kanun'un 28 inci maddesinin 2. fıkrası gereğince, yukarıda açıklanan gerekçelerle; 3359 sayılı Sağlık Hizmetleri Temel Kanunu'nun Ek 9. maddesinin; Anayasanın 2., 7., 124., 130. ve 131. maddelerine aykırı olduğu kanısına ulaşılması nedeniyle Anayasa Mahkemesine başvurulmasına; bu kuralların Anayasa'ya aykırılığı ve uygulanması durumunda giderilmesi güç ve olanaksız zararlar doğurabileceği gözetilerek esas hakkında karar verilinceye kadar yürürlüğünün durdurulmasının istenilmesine, dosyada bulunan belgelerin onaylı bir örneğinin Anayasa Mahkemesi Başkanlığı'na gönderilmesine 26.10.2011 tarihinde oybirliğiyle karar verildi.”